title: Monte Carlo method by Markov chain for rare event probability estimation in bioinformatics problems
metadata.name: dc.contributor.advisor
metadata.value: Тарасов Артем Леонидович
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.author
metadata.value: Абрамова Анастасия Николаевна
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.author
metadata.value: Abramova Anastasiia
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.contributor.editor
metadata.value: Коробейников Антон Иванович
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.editor
metadata.value: Korobeinikov Anton Ivаnovich
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.date.accessioned
metadata.value: 2018-07-25T20:34:25Z
metadata.lang: -
metadata.name: dc.date.available
metadata.value: 2018-07-25T20:34:25Z
metadata.lang: -
metadata.name: dc.date.issued
metadata.value: 2017
metadata.name: dc.identifier.other
metadata.value: 015420
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.identifier.uri
metadata.value: http://hdl.handle.net/11701/11537
metadata.lang: -
metadata.name: dc.description.abstract
metadata.value: Природные пептидные соединения являются биологически активными компонентами и входят в состав многих антибиотиков, противораковых и противоопухолевых средств. Несмотря на развитие масс-спектрометрии, благодаря которой точность секвенирования пептидных соединений значительно возросла, а потребность в количестве материала снизилась, задача идентификации природных пептидных соединений по базе данных все еще плохо изучена.  В данной работе рассмотрен метод оценки статистической значимости совпадения спектров пептидных соединений, базирующийся на методе Монте-Карло по схеме марковской цепи. Кроме того, разработанный метод позволяет оценить дисперсию значимости и построить доверительный интервал. Также в работе представлен критерий остановки, позволяющий построить марковскую цепь длины, достаточной для построения оценки заданной точности.
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.description.abstract
metadata.value: Peptidic Natural Products (PNPs) are highly sought after bioactive compounds that include many antibiotic, antiviral and antitumor agents, immunosuppressors and toxins. Even though recent advancements in mass-spectrometry have led to the development of accurate sequencing methods for nonlinear (cyclic and branch-cyclic) peptides, requiring only picograms of input material, the identification of PNPs via a database search of mass spectra remains problematic.  In this paper we describe a new way of estimating the statistical significance of a Peptide Spectrum Matches, defined by any peptide (including linear and non-linear), by using Markov Chain Monte Carlo methods. In addition to the estimate itself our method also provides an uncertainty estimate in the form of confidence bounds, as well as an automatic simulation stopping rule that ensures that the sample size is sufficient to achieve the desired level of result accuracy.
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.language.iso
metadata.value: ru
metadata.name: dc.subject
metadata.value: метод Монте-Карло
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: марковские цепи
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: оценка статистической значимости
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: масс-спектрометрия
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: Monte-Carlo method
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: Markov chains
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: statistical significance
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: mass-spectrometry
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.title
metadata.value: Monte Carlo method by Markov chain for rare event probability estimation in bioinformatics problems
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.title.alternative
metadata.value: Метод Монте-Карло по схеме марковской цепи для оценки вероятности редких событий в задачах биоинформатики
metadata.lang: ru_RU
resources.filename: vypusknaia-kvalifikatsionnaia-rabota.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/11537/1/vypusknaia-kvalifikatsionnaia-rabota.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: Article
resources.size: 448,91 kB
resources.filename: reviewSV_Abramova_review.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/11537/2/reviewSV_Abramova_review.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: ReviewSV
resources.size: 42,67 kB
resources.filename: reviewSV_review2.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/11537/3/reviewSV_review2.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: ReviewRev
resources.size: 25,71 kB
resources.filename: reviewSV_Abramova_recenziya.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/11537/4/reviewSV_Abramova_recenziya.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: ReviewRev
resources.size: 25,71 kB