title: Computational methods for identification of small molecules by mass spectra
metadata.name: dc.contributor.advisor
metadata.value: Тагирджанов Азат Мухаммедович
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.advisor
metadata.value: Tagirdzanov Azat Muhammedovic
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.contributor.author
metadata.value: Милов Артем Игоревич
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.author
metadata.value: Milov Artem Igorevic
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.contributor.editor
metadata.value: Степанов Алексей Владимирович
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.editor
metadata.value: Stepanov Aleksej Vladimirovic
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.date.accessioned
metadata.value: 2023-07-26T12:02:31Z
metadata.lang: -
metadata.name: dc.date.available
metadata.value: 2023-07-26T12:02:31Z
metadata.lang: -
metadata.name: dc.date.issued
metadata.value: 2023
metadata.name: dc.identifier.other
metadata.value: 069102
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.identifier.uri
metadata.value: http://hdl.handle.net/11701/41996
metadata.lang: -
metadata.name: dc.description.abstract
metadata.value: В биоинформатике огромное значение имеет определение различных молекул. Определение это обычно происходит посредством масс-спектрометрии.
  
  На данный момент разработчики дерепликаторов и их пользователи испытывают сложности с определением качества их работы, а также сравнении их друг с другом. В качестве решения этой задачи, на текущий момент, периодически проводятся соревнования, где участниками являются разработчики дерепликаторов. Участники отсылают свои дерепликаторы организаторам, те в свою очередь запускают эти дерепликаторы на некоторых данных, единых для всех участников, а потом анализируют и составляют метрики на их основе.
  
  С целью упростить эту проблемму мной была разработана программа NPD-Quast (Natura Peptide Dereplicator - Quaslity Accessment Tool). Данная программа по факту делает тоже самое, что делали организаторы соревнований, только автоматически и локально, а именно запуск некоторых дерепликаторов на имеющихся данных и составление метрик на поученных данных.
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.description.abstract
metadata.value: In bioinformatics, the definition of various molecules is of great importance. This is usually determined by mass spectrometry.
  
  At the moment, the developers of dereplicators and their users are having difficulty determining the quality of their work, as well as comparing them with each other. As a solution to this problem, at the moment, competitions are periodically held, where the participants are the developers of dereplicators. Participants send their dereplicators to the organizers, who, in turn, run these dereplicators on some data that is common for all participants, and then analyze and compile metrics based on them.
  
  In order to simplify this problem, I developed the NPD-Quast program (Natura Peptide Dereplicator - Quaslity Accessment Tool). This program, in fact, does the same thing that the organizers of the competition did, only automatically and locally, namely, launching some dereplicators on the available data and compiling metrics on the received data.
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.language.iso
metadata.value: ru
metadata.name: dc.subject
metadata.value: Биоинформатика
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: вычислительная масс-спектрометрия
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: разработка ПО
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: оценка качества
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: Bioinformatics
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: Computational Mass Spectrometry
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: Software Development
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: Quality Assurance
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.title
metadata.value: Computational methods for identification of small molecules by mass spectra
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.title.alternative
metadata.value: Вычислительные методы при идентификации малых молекул по масс-спектрам
metadata.lang: ru_RU
resources.filename: final_diploma.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/41996/2/final_diploma.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: Article
resources.size: 531,96 kB
resources.filename: reviewSV_Milov.docx
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/41996/3/reviewSV_Milov.docx
resources.format: Microsoft Word XML
resources.description: ReviewSV
resources.size: 25,14 kB