title: Evolutionary conservatism of amyloidogenic properties of nucleoporins with FG repeats
metadata.name: dc.contributor.advisor
metadata.value: Дроздова Полина Борисовна
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.advisor
metadata.value: Drozdova Polina Borisovna
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.contributor.author
metadata.value: Суханова Ксения Владимировна
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.author
metadata.value: Suhanova Ksenia Vladimirovna
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.contributor.editor
metadata.value: Бондарев Станислав Александрович
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.editor
metadata.value: Bondarev Stanislav Aleksandrovic
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.date.accessioned
metadata.value: 2021-08-07T09:11:14Z
metadata.lang: -
metadata.name: dc.date.available
metadata.value: 2021-08-07T09:11:14Z
metadata.lang: -
metadata.name: dc.date.issued
metadata.value: 2021
metadata.name: dc.identifier.other
metadata.value: 055268
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.identifier.uri
metadata.value: http://hdl.handle.net/11701/32303
metadata.lang: -
metadata.name: dc.description.abstract
metadata.value: АННОТАЦИЯ
  Выпускной квалификационной работы обучающегося по основной
  образовательной программе бакалавриата
  Сухановой Ксении Владимировны
  Основная образовательная программа «Биология»
  Направление подготовки: «Биология»
  Научный руководитель — н.с., к.б.н. Бондарев Станислав Александрович
  Эволюционный консерватизм амилоидных свойств нуклеопоринов с FG повторами
  На сегодняшний день все более становится актуальным исследование патологических и функциональных амилоидов. При этом их список значительно увеличился за последнее десятилетие. Функциональные амилоиды показаны как для прокариотических организмов (︀кюрлины Escherichia coli (︀CsgA-CsgB)︀; чаплины Streptomyces coelicolor (︀ChpA-H)︀ и др.)︀, так и для эукариот (︀Pmel17, RIP1 и RIP3, семеноглеин Homo sapiense и др.)︀. Любопытно и то, что среди функциональных амилоидов есть и консервативные у разных организмов. К последним относятся, например, два ортолога, участвующих в механизме консолидации памяти: CPEB моллюска Aplysia californica и Orb2 Drosophila melanogaster. Последнее свидетельствует о консервативности амилоидных свойств среди далеких друг от друга таксономических групп. Примечательно, что амилоидные свойства были показаны для таких важных белков, как нуклеопоринов, являющихся структурным компонентом ядерных поровых комплексов. Продемонстрировано, что дрожжевые белки Nsp1 и Nup100 способны образовывать амилоидоподобные структуры и агрегаты, включающие особые домены данных белков - FG-обогащенные участки. Кроме этого, как было замечено ранее, амилоидные свойства могут быть эволюционно консервативными для одних и тех же белков у разных организмов. Поэтому мы заинтересовались, соблюдается ли аналогичное свойство для всех нуклеопоринов среди разных таксономических групп или нет.
  По результатам проведенного биоинформатического анализа, мы установили, что почти все анализируемые нуклеопорины являются потенциальными амилоидами. Однако,  далеко не все имеют участки с консервативными амилоидными свойствами. Для Nup159 участки с консервативными амилоидными свойствами найдены только среди группы Ascomycota, а для Nsp1 – среди группы Chordata. У Nup49, Nup57, Nup58 такие участки были найдены для всего набора ортологов. И, так как Nsp1, Nup49, Nup57, Nup58 входят в состав FG-гидрогеля, то можно предположить, что нуклеопорины FG-гидрогеля обладают консервативными участками с амилоидными свойствами. И эти участки перекрываются с FG-повторами, которые играют ключевую роль в ядерно-цитоплазматическом транспорте.
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.description.abstract
metadata.value: ANNOTATION
  of  bachelor’s  graduate work
  Sukhanova Kseniia Vladimirovna
  The  educational program «Biology»
  Scientific adviser PhD Bondarev Stanislav Alexandrovich
  Evolutionary conservatism of amyloidogenic properties of nucleoporins with FG repeats
  
  Nowadays investigations of pathological and functional amyloids became more and more actual. And the list of them has increased extremely during the last decade. Functional amyloids have been found as for prokaryotes (e.g. curlins of Escherichia coli (CsgA-CsgB); chaplins of Streptomyces coelicolor (ChpA-H), etc.), as for eukaryotes (Pmel17, RIP1, and RIP3, semenoglein of Homo sapiens, etc.). Moreover, there are conservative functional amyloids among different organisms. For example, two orthologous functional amyloids are implicated in the memory’s consolidation: CPEB of Aplysia californica and Orb2 of Drosophila melanogaster. These proteins take part in the translation of the short-term memory into the long-term one. The latter demonstrates the conservativity of amyloid features among distant taxonomic groups. Amyloid properties were shown for several structural components of nuclear pore complexes, nucleoporins,. It has been demonstrated that yeast nucleoporins Nsp1 and Nup100 can form amyloid-like aggregates, including their FG-rich regions.  Moreover, as it was previously noted, that amyloid features can be evolutionally conservative for same proteins of different organisms. In the work we checked if the same properties are observed for all nucleoporins among various taxonomic groups or not.
  According to the bioinformatical analysis, we established that almost all analyzed nucleoporins are potential amyloids. However, not all of them include conservative regions with amyloid properties. In the case of Nup159 conservative amyloid regions have been found only among Ascomycota phylum, and for Nsp1 – Chordata phylum. Nup49, Nup57 and Nup58 include such fragments in the majority of analyzed groups. So, as Nsp1, Nup49, Nup57 and Nup58 form FG-hydrogel, it could be proposed that FG-hydrogel’s nucleoporins have conservative amyloid regions. And these domains correspond to FG-repeats, which play a key role in the nuclear-cytoplasmic transport.
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.language.iso
metadata.value: ru
metadata.name: dc.subject
metadata.value: амилоиды
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: амилоидные свойства
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: FG-повторы
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: нуклеопорины
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: FG-гидрогель
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: amyloids
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: amyloid features
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: FG-repeats
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: nucleoporins
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: FG-hydrogel
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.title
metadata.value: Evolutionary conservatism of amyloidogenic properties of nucleoporins with FG repeats
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.title.alternative
metadata.value: Эволюционный консерватизм амилоидных свойств нуклеопоринов с FG повторами
metadata.lang: ru_RU
resources.filename: MAIN.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/32303/1/MAIN.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: Article
resources.size: 3,42 MB
resources.filename: reviewSV_otzyv_Suhanova.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/32303/2/reviewSV_otzyv_Suhanova.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: ReviewSV
resources.size: 61,51 kB