title: Study of Deltaproteobacteria CasX nuclease
metadata.name: dc.contributor.advisor
metadata.value: Вихнина Мария Валентиновна
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.advisor
metadata.value: Vihnina Maria Valentinovna
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.contributor.author
metadata.value: Сидоренкова Ольга Ирэковна
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.author
metadata.value: Sidorenkova Olga Irekovna
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.contributor.editor
metadata.value: Цветкова Елена Викторовна
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.editor
metadata.value: Cvetkova Elena Viktorovna
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.date.accessioned
metadata.value: 2021-03-24T15:08:52Z
metadata.lang: -
metadata.name: dc.date.available
metadata.value: 2021-03-24T15:08:52Z
metadata.lang: -
metadata.name: dc.date.issued
metadata.value: 2019
metadata.name: dc.identifier.other
metadata.value: 049761
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.identifier.uri
metadata.value: http://hdl.handle.net/11701/26018
metadata.lang: -
metadata.name: dc.description.abstract
metadata.value: CRISPR-Cas – защитные системы бактерий и архей. Они состоят из двух основных компонентов: CRISPR-кассеты и генов cas. На этапе экспрессии с CRISPR-кассеты транскрибируется длинная пре-crРНК, которая затем процессируется на зрелые молекулы crРНК. В это же время с генов cas экспрессируются cas белки, которые объединяются с crРНК в эффекторные комплексы и сканируют клетку на предмет чужеродных последовательностей. Например, при повторном заражении клетки бактериофагом комплекс специфически распознает его ДНК и расщепляет молекулу. Так, меняя только лишь последовательность crРНК, Cas белки можно легко направлять на разнообразные ДНК-мишени. Поэтому CRISPR-Cas системы быстро стали перспективными инструментами генного редактирования. Поиск и описание характеристик новых Cas белков из разных бактерий обеспечит универсальность и специфичность технологии геномного редактирования при помощи этой системы. Данная работа посвящена изучению нуклеазной активности белка CasX из Deltaproteobacteria. Целью исследования было собрать в условиях in vitro систему, состоящую из направляющей РНК, рекомбинантного белка DpbCasX и ДНК-мишени с известным РАМ. Для этого нами был сконструирован и получен плазмидный вектор для экспрессии системы pET21a CasX_MBP. Выделен и очищен рекомбинантный белок DpbCasX_MBP, синтезированы ДНК-мишени и направляющая РНК. В ходе экспериментов была показана активность эндонуклеазы DpbCasX. Кроме того, определен диапазон температур, в котором белок DpbCasX эффективнее всего расщепляет ДНК-мишень.
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.description.abstract
metadata.value: CRISPR-Cas is a bacteria and archaea protection system.  It consists of two main components: CRISPR cassette and cas genes. During the expression stage, the CRISPR cassette is transcribed into long pre-crRNA that is then processed into mature crRNA. At the same time, cas proteins are expressed from cas genes, which combine with crRNA into effector complexes and scan the cell for foreign sequences. For example, when a cell is reinfected with bacteriophage, the complex specifically recognizes its DNA and cleavage the molecule. Thus, by changing only the sequence of crRNA, Cas proteins can be easily directed to a variety of target DNAs. Therefore, CRISPR-Cas systems quickly became promising tools for gene editing. Search and characterization of new Cas proteins from different bacteria will ensure the universality and specifity of the technology for genome editing using this system. This work is about the study of the nuclease activity of the CasX protein from Deltaproteobacteria. The aim of the study was to assemble in vitro a system consisting of a guide RNA, a recombinant protein DpbCasX and a DNA target with a known PAM. For this, we designed and obtained a plasmid vector for the expression of the pET21a CasX_MBP system. The recombinant protein DpbCasC_MBP was isolated and purified, the target DNA and guide RNA were synthesized. During the experiments, the activity of the endonuclease DpbCasX was shown. In addition, the temperature range in which the DpbCasX protein most efficiently cleaves the target DNA is determined.
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.language.iso
metadata.value: ru
metadata.name: dc.subject
metadata.value: CRISPR-Cas системы
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: рекомбинантный белок CasX
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: нуклеазная активность
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: генное редактирование
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: направляющая РНК
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: ДНК-мишень
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: CRISPR-Cas systems
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: recombinant protein CasX
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: nuclease activity
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: genome editing
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: guide RNA
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: DNA target
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.title
metadata.value: Study of Deltaproteobacteria CasX nuclease
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.title.alternative
metadata.value: Исследование CasX нуклеазы из Deltaproteobacteria
metadata.lang: ru_RU
resources.filename: Issledovanie_CasX_nukleazy_iz_Deltaproteobacteria.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/26018/1/Issledovanie_CasX_nukleazy_iz_Deltaproteobacteria.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: Article
resources.size: 1,63 MB