title: Development of a PCR system for the assessment of murine interferons
metadata.name: dc.contributor.advisor
metadata.value: Ёлшин Никита Дмитриевич
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.author
metadata.value: Гордеев Михаил Николаевич
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.author
metadata.value: Gordeev Mikhail
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.contributor.editor
metadata.value: Самойлович Марина Платоновна
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.editor
metadata.value: Samoilovich Marina Plаtonovnа
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.date.accessioned
metadata.value: 2018-07-26T15:27:04Z
metadata.lang: -
metadata.name: dc.date.available
metadata.value: 2018-07-26T15:27:04Z
metadata.lang: -
metadata.name: dc.date.issued
metadata.value: 2018
metadata.name: dc.identifier.other
metadata.value: 041863
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.identifier.uri
metadata.value: http://hdl.handle.net/11701/13871
metadata.lang: -
metadata.name: dc.description.abstract
metadata.value: Разработанная ПЦР система позволяет единовременно детектировать все интерфероны, что актуально для выполнения дальнейших работ связанных. Увеличение точности полученной ПЦР системы произведено благодаря параллельному определению сразу двух мишеней (интерферонов и гена-референса) в одной реакции.  Подобный дизайн ПЦР системы позволяет уменьшить расход образца и добиться воспроизводимых результатов.В процессе работы был проведен дизайн праймеров и зондов для основных интерферонов мыши  с использованием программы Vector NTI Advance 11. Для IFNγ, IFNλ были подобраны праймеры, специфично различающие геномную ДНК и кДНК. Для оценки общей экспрессии интерферонов α был разработан подход, заключающийся в их одновременной регистрации с помощью вырожденных праймеров и 2 зондов.Все праймеры были проверены на специфичность с помощью ПЦР и последующего электрофореза в агарозном геле. Все подобранные праймеры образуют целевой, предсказанный in silico продукт, без образования димеров праймеров и зонда. Проверка эффективности системы ПЦР с помощью серийных десятикратных разведений кДНК в моноплексе показала высокую эффективность протекания ПЦР на интерфероны. Увеличения точности полученной ПЦР системы было произведено благодаря одновременному регистрации транскрипта интерферона и внутреннего контроля.В работе освоены методы выделения лимфоцитарной фракции из селезенки, выделения тотальной РНК, электрофорез РНК, получение кДНК методом обратной транскрипции, метод ПЦР-в реальном времени, электрофорез ДНК. Получены навыки подбора праймеров и Taq-Man зондов
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.description.abstract
metadata.value: The work is devoted to the development of a PCR-based system for the determination of relative interferon expression levels. The PCR system developed allows simultaneous detection of all interferons; such detection enables the performance of further related activities. An increase in the accuracy of the PCR system obtained is due to the simultaneous determination of two targets (interferons and the reference gene) in one reaction. This PCR design allows users to reduce sample consumption and to achieve reproducible results. During the work, primers and probes were designed for the main mouse interferons using Vector NTI Advance 11 software. For IFNγ and IFNλ, primers specifically differentiating genomic DNA and RNA-derived cDNA were designed and ordered. In order to evaluate the overall expression of α interferons, an approach was developed that consisted of simultaneous registration with degenerate primers and a set of two probes. All primers were tested for specificity, namely by PCR and subsequent separation by agarose gel  electrophoresis. According to the algorithm used, all of the selected primers form specific products without the formation of oligonucleotide dimers. Checking the efficiency of the PCR system, using serial ten-fold dilutions of cDNA in monoplex, showed high efficiency of the interferon polymerase chain reactions. The accuracy of the PCR system was increased due to the simultaneous registration of the interferon transcript and an internal control. Having a reference gene present allows the user to compare interferon levels to the reference. Using a reference gene (which is not thought to have wide expression variation) allows comparisons between samples , even if the absolute number of molecules is not known. This project used effectively the methods of computer-aided primer design, lymphocyte fraction isolation from spleen, isolation of total RNA, RNA/DNA electrophoresis, and the production of cDNA by reverse transcription of mouse RNA.
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.language.iso
metadata.value: ru
metadata.name: dc.subject
metadata.value: Интерфероны
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: ПЦР в режиме реального времени
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: Interferons
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: qPCR
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.title
metadata.value: Development of a PCR system for the assessment of murine interferons
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.title.alternative
metadata.value: Создание ПЦР системы для определения экспрессии интерферонов мыши
metadata.lang: ru_RU
resources.filename: Diplom_18-05-21_versiya_k_zagruzke_-final_bb_ver.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/13871/1/Diplom_18-05-21_versiya_k_zagruzke_-final_bb_ver.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: Article
resources.size: 1,23 MB
resources.filename: reviewSV_otzyv_nauchnogo_rukovoditelya_na_studenta_Gordeeva_dlya_zagruzki_ff.docx
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/13871/2/reviewSV_otzyv_nauchnogo_rukovoditelya_na_studenta_Gordeeva_dlya_zagruzki_ff.docx
resources.format: Microsoft Word XML
resources.description: ReviewSV
resources.size: 19,48 kB
resources.filename: reviewSV_Recenziya_YOlshin_Gordeev.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/13871/3/reviewSV_Recenziya_YOlshin_Gordeev.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: ReviewRev
resources.size: 725,49 kB