title: Read error correction for IonTorrent data
metadata.name: dc.contributor.advisor
metadata.value: Тарасов Артем Леонидович
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.author
metadata.value: Ершов Василий Алексеевич
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.author
metadata.value: Ershov Vasilii
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.contributor.editor
metadata.value: Коробейников Антон Иванович
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.editor
metadata.value: Korobeinikov Anton Ivаnovich
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.date.accessioned
metadata.value: 2018-07-25T20:34:29Z
metadata.lang: -
metadata.name: dc.date.available
metadata.value: 2018-07-25T20:34:29Z
metadata.lang: -
metadata.name: dc.date.issued
metadata.value: 2017
metadata.name: dc.identifier.other
metadata.value: 015502
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.identifier.uri
metadata.value: http://hdl.handle.net/11701/11548
metadata.lang: -
metadata.name: dc.description.abstract
metadata.value: Существующие быстрые и качественные алгоритмы коррекции ошибок в данных секвенирования генома предназначены для исправления ошибок, свойственных широко применяемой технологии секвенирования Illumina.   В данной работе рассматривается задача исправления ошибок для другой распространенной технологии секвенирования IonTorrent. Приведено описание метода коррекции ошибок IonHammer. Разработана модификация данного алгоритма. Проведено сравнение новой версии алгоритма с предыдущей, а также другими методами исправления ошибок. Показано, что новая версия IonHammer превосходит альтернативы по скорости работы при сравнимом или более высоком качестве коррекции.
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.description.abstract
metadata.value: Most of existing fast and accurate read error correction methods were developed to correct errors in data sequenced by widely-used Illumina technology.  In this work we propose a solution of error correction problem in data sequenced by another wide-spread IonTorrent technology.  We describe IonHammer error correction algorithm. We developed a new version of IonHammer algorithm. New version of IonHammer was benchmarked against old version and other error correction tools on wide range of datasets. New version of IonHammer is a clear winner in terms of speed and shows comparable or better error correction quality.
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.language.iso
metadata.value: ru
metadata.name: dc.subject
metadata.value: исправление ошибок в чтениях
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: исправление ошибок секвенирования
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: IonTorrent
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: IonHammer
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: BayesHammer
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: кластеризация k-меров
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: исправление длин гомополимеров
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: оценка k-мерного спектра генома
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: read error correction
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: sequencing error correction
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: IonTorrent
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: k-mer clustering
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: IonHammer
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: BayesHammer
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: indel errors
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: genomic k-mer spectrum estimation
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.title
metadata.value: Read error correction for IonTorrent data
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.title.alternative
metadata.value: Исправление ошибок в чтениях, полученных с помощью технологии IonTorrent
metadata.lang: ru_RU
resources.filename: main.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/11548/1/main.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: Article
resources.size: 746,57 kB
resources.filename: reviewSV_Ershov_review.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/11548/2/reviewSV_Ershov_review.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: ReviewSV
resources.size: 38,37 kB
resources.filename: reviewSV_Ershov_recenziya.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/11548/3/reviewSV_Ershov_recenziya.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: ReviewRev
resources.size: 25,37 kB