title: Reconstruction of the demographic history for three populations of the least weasel Mustela nivalis
metadata.name: dc.contributor.advisor
metadata.value: Шаповал Назар Анатольевич
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.advisor
metadata.value: Sapoval Nazar Anatolevic
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.contributor.author
metadata.value: Тотиков Азамат Альбертович
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.author
metadata.value: Totikov Azamat Albertovic
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.contributor.editor
metadata.value: Райко Михаил Петрович
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.editor
metadata.value: Rajko Mihail Petrovic
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.date.accessioned
metadata.value: 2021-08-07T09:12:01Z
metadata.lang: -
metadata.name: dc.date.available
metadata.value: 2021-08-07T09:12:01Z
metadata.lang: -
metadata.name: dc.date.issued
metadata.value: 2021
metadata.name: dc.identifier.other
metadata.value: 079631
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.identifier.uri
metadata.value: http://hdl.handle.net/11701/32568
metadata.lang: -
metadata.name: dc.description.abstract
metadata.value: Определение эффективного размера численности различных популяций, является одним из ключевых в природоохранной геномике, т.к общее число особей играет важное значение в определении демографической жизнеспособности популяции. В большинстве исследований по реконструкций демографических историй различных видов, наблюдаются паттерны, описанные для многих видов млекопитающих по всей Евразии. Эти паттерны часто интерпретируются как последствия глобальных климатических изменений, длящихся до сих пор. Одним из наиболее распространенных видов хищников в Северном полушарии является обыкновенная ласка Mustela nivalis. Ее ареал охватывает большую часть Палеарктики. Демографическая история популяций M. nivalis, произощедшая в результате постледниковой реколонизации из разных, а в некоторых случаях и из нескольких рефугиумов, представляет большой интерес. Точное число подвидов до сих пор остается неизвестным, а генетическое разнообразие ранее оценивалось только на уровне отдельных митохондриальных и ядерных маркеров. Таким образом, в данной работе проведены сравнение на полногеномном уровне и реконструкция демографической истории трех особей M. nivalis из отдельных популяций. 
  Мы подтверждаем ранние исследования об относительно быстром распространении M. nivalis по Палеарктике. Выявленная идентичная демографическая динамика популяций Новосибирска и Дальнего востока, вероятно, свидетельствует о реколонизации из одного и того же рефугиума и/или интенсивном потоке генов, которое в результате привело к формированию однородной Сибирской суперпопуляции, несмотря на отдаленное расположение этих популяций, расстояние между которыми составляет тысячи километров. Также, ранее неизвестный высокий уровень генетического разнообразия M. nivalis, в Дальневосточной популяции сочетается с присутствием протяженных гомозиготных участков, что может говорить о недавнем инбридинге в этой популяции. Распределение гетерозиготных вариантов в X хромосоме демонстрирует характерные для нее паттерны, которые можно использовать для локализации псевдоаутосомного района у высокогетерозиготных видов используя данные самок, а не самцов. Для подтверждения высказанных предположений в данной работе, необходимо провести более масштабный анализ демографической истории M. nivalis на полногеномном уровне, представив популяции Евразии в полной мере.
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.description.abstract
metadata.value: Mustela nivalis is a common carnivore species in the North hemisphere, inhabiting most of the Palearctic. Notwithstanding the stable population growth, some decrease was documented for several populations. The demographic history of M. nivalis populations, which was shaped by waves of postglacial recolonization from different refugia and in some cases by their overlaps, is of great interest. The exact number of subspecies is still unknown. The genetic diversity was previously assessed only on the level of several mitochondrial and nuclear markers. In this work, we compared on the whole-genome level three individuals, each representing a different population of M. nivalis, and reconstructed their demographic history.
  Data on the demographic history of the three populations confirmed earlier studies on the relatively rapid expansion of Mustela nivalis across the Palearctic, and revealed some features of this process. The rapid expansion of the Polish population after its separation from the ancestral population suggests that Europe was freed from glaciers earlier than Siberia. The identified identical demographic dynamics of the Novosibirsk and Far East populations probably indicates recolonization from the same refugium and/or intense gene flow, which resulted in the formation of a homogeneous Siberian superpopulation despite the remote location of these populations, with distance between them being thousands of km. In addition, the previously unknown high level of genetic diversity of M. nivalis in the Far Eastern population is combined with the presence of extended homozygous regions, which may indicate recent inbreeding in this population. The distribution of heterozygous variants in the X chromosome demonstrates its characteristic patterns which can be used to localize the pseudoautosomal region in highly heterozygous species using data from females rather than males. In order to confirm the assumptions expressed in this work, it is necessary to perform a larger-scale analysis of the demographic history of M. nivalis on the whole genome level using a high number of samples covering the whole Eurasia.
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.language.iso
metadata.value: ru
metadata.name: dc.subject
metadata.value: обыкновенная ласка Mustela nivalis
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: реконструкция демографической истории
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: природоохранная геномика
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: популяционная геномика
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: генетическое разнообразие.
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: least weasel Mustela nivalis
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: reconstruction of demographic history
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: conservation genomics
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: population genomics
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: genetic diversity.
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.title
metadata.value: Reconstruction of the demographic history for three populations of the least weasel Mustela nivalis
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.title.alternative
metadata.value: Реконструкция демографической истории трех популяций обыкновенной ласки Mustela nivalis
metadata.lang: ru_RU
resources.filename: Master_thesis__Totikov_A._.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/32568/1/Master_thesis__Totikov_A._.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: Article
resources.size: 9,78 MB
resources.filename: reviewSV_otzyv_rukovoditela_o_studente_Totikov.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/32568/2/reviewSV_otzyv_rukovoditela_o_studente_Totikov.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: ReviewSV
resources.size: 32,73 kB