title: Algorithms for the analysis of protein sequences using internal fragment ions
metadata.name: dc.contributor.advisor
metadata.value: Иванов Марк Витальевич
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.advisor
metadata.value: Ivanov Mark Vitalevic
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.contributor.author
metadata.value: Филиппов Степан Дмитриевич
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.author
metadata.value: Filippov Stepan Dmitrievic
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.contributor.editor
metadata.value: Степанов Алексей Владимирович
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.editor
metadata.value: Stepanov Aleksej Vladimirovic
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.date.accessioned
metadata.value: 2023-07-26T12:02:29Z
metadata.lang: -
metadata.name: dc.date.available
metadata.value: 2023-07-26T12:02:29Z
metadata.lang: -
metadata.name: dc.date.issued
metadata.value: 2023
metadata.name: dc.identifier.other
metadata.value: 068219
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.identifier.uri
metadata.value: http://hdl.handle.net/11701/41987
metadata.lang: -
metadata.name: dc.description.abstract
metadata.value: В данной работе исследовались MS/MS спектры, снятые с белка CAH2_BOVIN. На протяжении работы предлагается некоторый набор алгоритмов, которые все лучше и лучше решают задачу нахождения и анализа лесенок, состоящих из внутренних фрагментных ионов.
  
  В первой части рассматривается алгоритм, использующий сырые масс-спектры, где пики соответсвуют отношениям масс к зарядам.
  
  Далее данный подход переносится на масс-спектры, обработанные с помощью утилиты MS-Deconv, в которых пики соответствуют массам. Это позволяет улучшить качество аннотации фрагментных ионов.
  
  Затем рассматривается финальный алгоритм, который решает проблемы предыдущих алгоритмов и позволяет с высокой точностью находить лесенки из как терминальных, так и внутренних ионов.
  
  В конце работы анализируется распределение найденных лесенок из ионов и приводится несколько наблюдений о некоторых найденных особенностях.
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.description.abstract
metadata.value: This work examined MS/MS spectra obtained from the CAH2_BOVIN protein. Throughout the work, a set of algorithms is proposed that increasingly better solve the problem of finding and analyzing ladders made up of internal fragment ions.
  
  The first part discusses an algorithm that uses raw mass spectra, where peaks correspond to mass-to-charge ratios.
  
  Then this approach is transferred to mass spectra processed using the MS-Deconv utility, where peaks correspond to masses. This allows for the improvement of the quality of fragment ion annotation.
  
  Next, the final algorithm is examined, which solves the problems of previous algorithms and allows finding ladders from both terminal and internal ions with high accuracy.
  
  At the end of the work, the distribution of found ion ladders is analyzed, and several observations about some discovered features are presented.
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.language.iso
metadata.value: ru
metadata.name: dc.subject
metadata.value: масс-спектрометрия
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: белки
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: конволюция
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: алгоритмы
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: статистические гипотезы
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: mass spectrometry
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: proteins
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: convolution
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: algorithms
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: statistical hypotheses
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.title
metadata.value: Algorithms for the analysis of protein sequences using internal fragment ions
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.title.alternative
metadata.value: Алгоритмы анализа белковых последовательностей с использованием внутренних фрагментных ионов
metadata.lang: ru_RU
resources.filename: FilippovBachelorThesis.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/41987/2/FilippovBachelorThesis.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: Article
resources.size: 406,68 kB
resources.filename: reviewSV_Filippov.docx
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/41987/3/reviewSV_Filippov.docx
resources.format: Microsoft Word XML
resources.description: ReviewSV
resources.size: 30,06 kB