title: Study of intestinal microbiota in health and disease
metadata.name: dc.contributor.advisor
metadata.value: Сокорнова Софья Валерьевна
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.author
metadata.value: Козырев Петр Александрович
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.author
metadata.value: Kozyrev Petr
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.contributor.editor
metadata.value: Лапидус Алла Львовна
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.editor
metadata.value: Candidate of Biology А.L.Lapidus
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.date.accessioned
metadata.value: 2018-07-26T15:16:52Z
metadata.lang: -
metadata.name: dc.date.available
metadata.value: 2018-07-26T15:16:52Z
metadata.lang: -
metadata.name: dc.date.issued
metadata.value: 2018
metadata.name: dc.identifier.other
metadata.value: 010304
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.identifier.uri
metadata.value: http://hdl.handle.net/11701/12044
metadata.lang: -
metadata.name: dc.description.abstract
metadata.value: Кишечная микробиота постоянно меняется в зависимости от различных условий. Давно известно, что при различных заболеваниях могут наблюдаться изменения в составе кишечной микробиоты. Лечение таких дисбиотических состояний до сих пор является нерешенной проблемой.  Целью данной работы был поиск наиболее эффективного аутопробиотика для лечения дисбиотических состояний кишечника.  Эксперименты были проведены на модели дисбиоза кишечника у крыс. Животные получали комбинацию ампицилина и метронидазола в течение 3 дней для вызова дисбиоза. Первая контрольная группа получала физиологический раствор в течение 5 дней после антибиотиков, вторая контрольная группа получала физиологический раствор в течение всего эксперимента (8 дней). После антибиотиков экспериментальные группы крыс получали лечение в виде различных аутопробиотиков. Образцы фекалий для секвенирования собирались на 0, 3 и 8 дни эксперимента. Бактериальная ДНК выделялась из фекалий и секвенировалась на платформе Illumina MiSeq. Парноконцевые прочтения были получены при помощи праймеров к вариабельным участкам V3-V4 гена 16S. Затем прочтения кластеризовались и классифицировать при помощи программы CD-HIT-OTU-Miseq. Визуализация и последующий анализ производились с помощью языка для статистической обработки R в пакете phyloseq.  Мы обнаружили, что в состоянии дисбиоза микробиота кишечника крыс значительно меняется. Помимо этого мы показали, что аутопробиотическое лечение бифидобактериями и энтерококками наиболее близко возвращало микробиоту больных животных к нормальному состоянию.
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.description.abstract
metadata.value: Intestinal microbiota is constantly changing depending on various conditions. It is a well known fact that in different diseases shifts in intestinal microbiota are observed. But treatment of such dysbiotic states remains a big challenge.  The aim of this research is to find the most efficient autoprobiotic for the treatment of dysbiotic states. It can be achieved by the analysis of changes in microbiota towards its normalization during treatment.  All experiments were performed on a rat dysbiosis model. Combination of ampicillin and metronidazole were used for 3 days to cause dysbiosis. The first control group was getting saline solution for 5 days after antibiotics treatment and the second group for the duration of the experiment (8 days). After taking antibiotics rats were receiving different kinds of autoprobiotics for 5 days. Fecal samples were collected for sequencing at the 0, 3’rd and the 8’th days of the experiment. Bacterial DNA extracted from feces was sequenced with Illumina MiSeq platform. Paired-end reads were obtained using primers to V3-V4 region of the 16S gene. Then reads were clustered and classified with the help of CD-HIT-OTU-Miseq approach. Visualisation of the microbiota composition in rat samples and as well as the consequent analysis was performed in R using phyloseq package.   We have shown that gut microbiota composition changes significantly in dysbiotic conditions. On top of that, we have found that bifidobacterium and enterococci are the most efficient autoprobiotics in terms of returning dysbiotic microbiota to the normal state.
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.language.iso
metadata.value: ru
metadata.name: dc.subject
metadata.value: микробиота
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: кишечник
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: дисбиоз
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: лечение
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: биоинформатика
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: microbiota
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: gut
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: dysbiosis
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: treatment
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: bioinformatics
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.title
metadata.value: Study of intestinal microbiota in health and disease
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.title.alternative
metadata.value: Изучение микробиоты кишечника в норме и при патологиях
metadata.lang: ru_RU
resources.filename: Kozyrev_Gut_Microbiota.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/12044/1/Kozyrev_Gut_Microbiota.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: Article
resources.size: 733,71 kB
resources.filename: reviewSV_P_Kozyrev-otzyv_rukovoditelya.docx
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/12044/2/reviewSV_P_Kozyrev-otzyv_rukovoditelya.docx
resources.format: Microsoft Word XML
resources.description: ReviewSV
resources.size: 122,53 kB
resources.filename: reviewSV_P_Kozyrev-otzyv_rukovoditelya.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/12044/3/reviewSV_P_Kozyrev-otzyv_rukovoditelya.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: ReviewSV
resources.size: 62,26 kB
resources.filename: reviewSV_recenziya_Kozarev.jpg
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/12044/4/reviewSV_recenziya_Kozarev.jpg
resources.format: JPEG
resources.description: ReviewRev
resources.size: 745,41 kB
resources.filename: reviewSV_tablica_Kozarev.jpg
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/12044/5/reviewSV_tablica_Kozarev.jpg
resources.format: JPEG
resources.description: ReviewRev
resources.size: 512,04 kB