title: Cyto-embryological and genetic comparative analysis of apomictic lines of plants from the genus Boechera
metadata.name: dc.contributor.advisor
metadata.value: Райко Михаил Петрович
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.advisor
metadata.value: Rajko Mihail Petrovic
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.contributor.author
metadata.value: Золотарев Андрей Владимирович
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.author
metadata.value: Zolotarev Andrej Vladimirovic
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.contributor.editor
metadata.value: Родионов Александр Викентьевич
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.editor
metadata.value: Rodionov Aleksandr Vikentevic
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.date.accessioned
metadata.value: 2021-03-24T15:07:22Z
metadata.lang: -
metadata.name: dc.date.available
metadata.value: 2021-03-24T15:07:22Z
metadata.lang: -
metadata.name: dc.date.issued
metadata.value: 2019
metadata.name: dc.identifier.other
metadata.value: 022484
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.identifier.uri
metadata.value: http://hdl.handle.net/11701/25594
metadata.lang: -
metadata.name: dc.description.abstract
metadata.value: В представленной работе были реализованы различные стратегии сборки высоко гетерозиготных геномов, с
  дальнейшей статистической обработкой их результатов. Полученные сборки сравнивались
  между собой и со сборками, предоставленными сотрудниками Центра геномной
  биоинформатики им. Ф. Г. Добржанского, в ходе чего была определена наиболее эффективная
  методика для работы с сырыми прочтениями геномов высоко гетерозиготных организмов –
  гибридная сборка из длинных и коротких прочтений программой MaSuRCA.
  С использованием отработанного метода гибридной сборки ДНК, был реконструирован
  генетический материал хлоропластов Boechera divaricarpa M4B и проведен его
  филогенетический анализ с использованием Байесовской статистики. В ходе анализа были
  получены уникальные данные о наследовании хлоропластной ДНК линии M4B от вида Boechera
  stricta, а также продемонстрировано, что линия ES517 унаследовала генетический материал
  пластид не от представителей этого вида. Чтобы уточнить филогению хлоропластной ДНК
  линии ES517 требуется рассмотреть большее количество изолятов различных видов, и, в
  частности, изолятов вида B. retrofracta.
  В собранном геноме линии M4B была найдена последовательность гена APOLLO, после чего
  был проведен филогенетический анализ, включающий последовательности обеих
  рассматриваемых линий B. divaricarpa. В ходе анализа были сделаны выводы о вероятной
  гомозиготности линии ES517 по апомиктичному аллелю гена, и гетерозиготности линии M4B,
  тем не менее, для точного определения состава аллелей необходим анализ копийности гена
  APOLLO в геномах рассмотренных линий.
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.description.abstract
metadata.value: Various strategies for the assembly of highly heterozygous genomes have been implemented in current study, with
  further statistical processing of their results. The resulting assemblies were compared
  between themselves and with the assemblies provided by the staff of the Center for Genomic
  Bioinformatics them. FG Dobzhansky, during which the most effective was determined
  technique for working with raw readings of the genomes of highly heterozygous organisms -
  hybrid assembly of long and short readings program MaSuRCA.
  Using the proven method of hybrid DNA assembly, was reconstructed
  The genetic material of the chloroplast Boechera divaricarpa M4B and held it
  phylogenetic analysis using Bayesian statistics. During the analysis were
  unique data on the inheritance of the M4B chloroplast DNA from the species Boechera were obtained
  stricta, and also demonstrated that the line ES517 inherited genetic material
  plastids are not from representatives of this species. To clarify the phylogeny of chloroplast DNA
  line ES517 is required to consider a greater number of isolates of various species, and, in
  particular isolates of the species B. retrofracta.
  In the assembled genome of the M4B line, the sequence of the APOLLO gene was found, after which
  phylogenetic analysis was carried out, including the sequences of both
  considered lines B. divaricarpa. During the analysis, conclusions were made about
  homozygosity of the ES517 line on the apomictic allele of the gene, and heterozygosity of the M4B line,
  however, for accurate determination of the composition of alleles, an analysis of the gene’s copy number is necessary
  APOLLO in the genomes of the examined lines.
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.language.iso
metadata.value: ru
metadata.name: dc.subject
metadata.value: Апомиксис
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: биоинформатический анализ
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: биоинформатика
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: филогения
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: семейство крестоцветные
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: Apomixis
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: bioinformatics
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: phylogeny
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: Boechera
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: Brassicaceae
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.title
metadata.value: Cyto-embryological and genetic comparative analysis of apomictic lines of plants from the genus Boechera
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.title.alternative
metadata.value: Сравнительная генетическая характеристика апомиктных линий растений из рода Boechera
metadata.lang: ru_RU
resources.filename: Zolotarev_VKR_completed.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/25594/1/Zolotarev_VKR_completed.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: Article
resources.size: 2,61 MB
resources.filename: reviewSV_2019_06_03_Harakteristika_Zolotareva.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/25594/2/reviewSV_2019_06_03_Harakteristika_Zolotareva.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: ReviewSV
resources.size: 164,2 kB