title: Transcriptome analysis of radish (Raphanus sativus L.) genetic tumors
metadata.name: dc.contributor.advisor
metadata.value: Сергушичев Алексей Александрович
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.author
metadata.value: Правдина Ольга Юрьевна
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.author
metadata.value: Pravdina Olga
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.contributor.editor
metadata.value: Творогова Варвара Евгеньевна
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.editor
metadata.value: Tvorogova Varvara Evgenevnа
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.date.accessioned
metadata.value: 2018-07-26T15:18:56Z
metadata.lang: -
metadata.name: dc.date.available
metadata.value: 2018-07-26T15:18:56Z
metadata.lang: -
metadata.name: dc.date.issued
metadata.value: 2018
metadata.name: dc.identifier.other
metadata.value: 058496
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.identifier.uri
metadata.value: http://hdl.handle.net/11701/12803
metadata.lang: -
metadata.name: dc.description.abstract
metadata.value: Изменения уровней экспрессии генов, участвующих в разных этапах контроля развития растения могут приводить к опухолеобразованию.  Для опухолей разного типа уже было показано изменение экспрессии генов регуляторов клеточного цикла, меристем-специфичных генов, а также генов, контролирующих передачу сигнала фитогормонов. Несмотря на уже имеющиеся данные о генах, вносящих большой вклад в опухолеобразование растений, механизмы образования генетических опухолей редиса до конца не ясны и нуждаются в дальнейшем изучении  с помощью методов транскриптомики и биоинформатики. Поэтому в данной работе нами был проведен анализ транскриптомов нормальной и опухолевой тканей корня редиса Raphanus sativus L. В результате нами были выявлены гены, уровень экспрессии которых отличается у генетических опухолей и нормального корня редиса. Среди этих генов можно выделить следующие группы: компоненты сигнальных путей ауксина (IAA7, TPST1, PIN1, AGL14), цитокинина (ARR4, ARR5, ARR11, LOG1 и др.) регуляторы клеточного цикла (CDKB2;2, CYCB1;3, CYCA1;1, CYCP3;2 и др.), развития меристем (CLE-пептиды (CLE46), ZAT11, JAZ7, WOX4), цветения (AGL17, BRI1), роста клетки растяжением (EXPA1, EXPA4, EXPA6 и др.), ответа на различные типа стресса (STZ, MYC2, WES1, WRKY53). Кроме того, в тканях опухоли активируются метаболические пути, участвующие в делении и росте клеток, и подавляются пути передачи сигнала ауксина и ответа на стресс. Для проверки участия гена RsCLE46 в индукции и регуляции опухолеобразования нами были получены композитные растения редиса линии №28 (не образующей в норме генетических опухолей) с трансформированными корнями, содержащими вектор сверхэкспрессии pK7WG2D RsCLE46. Также нами было проведено сравнение своих данных с результатами анализа транскриптома агробактериальных опухолей. В генетических опухолях, как и в агробактериальных, наблюдалось обогащение метаболических путей, ответственных за организацию клеточной стенки, трансляцию, индукцию боковых корней через ауксиновый сигналинг, а также повышение экспрессии генов-регуляторов ответа на цитокинин и экспансинов, что говорит о сходстве процессов, происходящих при росте агробактериальных и генетических опухолей.
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.description.abstract
metadata.value: Changes in the expression levels of genes involved in different stages of plant development control can lead to tumor formation. For tumors of different types, changes in the expression of genes of cell cycle regulators, meristem-specific genes, as well as genes controlling the transmission of phytohormones signal have been shown. Despite the available data on genes that make a big contribution to tumor formation in plants, mechanisms of formation of radish genetic tumors are not completely clear and need further study using methods of transcriptomics and bioinformatics. Therefore, in this study we analyzed the transcriptomes of normal and tumor tissues of radish (Raphanus sativus L.) root.  We identified genes whose expression level differs in genetic tumors and normal radish root. Among these genes, the following groups can be distinguished: the components of the auxin signaling pathways (IAA7, TPST1, PIN1, AGL14) and cytokinin signaling pathways (ARR4, ARR5, ARR11, LOG1, etc.), regulators of the cell cycle (CDKB2; 2, CYCB1; 3, CYCA1; 1 , CYCP3; 2, etc.), meristem development (CLE-peptides, ZAT11, JAZ7, WOX4), flowering (AGL17, BRI1), cell growth by extension (EXPA1, EXPA4, EXPA6, etc.), response to various types of stress (STZ, MYC2, WES1, WRKY53). In addition, in tumor tissues, metabolic pathways involved in cell division and growth are activated, and the pathways of auxin signal transmission and response to stress are repressed. To analyze possible involvement of RsCLE46, which encodes one of the CLE-peptide hormones, in induction and regulation of tumor formation, we obtained composite radish plants of line 28 (which does not normally form genetic tumors) with transformed roots containing the overexpression vector pK7WG2D RsCLE46. We also compared our data with the results of transcriptome analysis of agrobacterial tumors. We observed that similarly to agrobacterial tumors in genetic tumors pathways responsible for cell wall organization, translation, induction of the lateral roots through auxin signaling, as well as genes-regulators of cytokinin response were upregulated, which suggests a similarity of the processes occurring during growth of agrobacterial and genetic tumors.
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.language.iso
metadata.value: ru
metadata.name: dc.subject
metadata.value: опухолеобразование
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: РНК-секвенирование
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: Raphanus sativus
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: редис
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: транскриптомный анализ
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: генетика растений
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: фитогормоны
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: генетика развития растений
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: tumor formation
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: RNA-Seq
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: radish
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: transcriptome analysis
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: plant genetics
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: phytohormones
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: plant developmental genetics
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.title
metadata.value: Transcriptome analysis of radish (Raphanus sativus L.) genetic tumors
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.title.alternative
metadata.value: Транскриптомный анализ генетических опухолей редиса (Raphanus sativus L.)
metadata.lang: ru_RU
resources.filename: Diplom__Pravdina.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/12803/1/Diplom__Pravdina.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: Article
resources.size: 2,03 MB
resources.filename: reviewSV_Pravdina_otzyv_nauchnogo_rukovoditelya.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/12803/2/reviewSV_Pravdina_otzyv_nauchnogo_rukovoditelya.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: ReviewSV
resources.size: 525,32 kB
resources.filename: reviewSV_Pravdina_Recenziya.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/12803/3/reviewSV_Pravdina_Recenziya.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: ReviewRev
resources.size: 1,09 MB
resources.filename: reviewSV_st036265_Tvorogova_Varvara_Evgenevna_(supervisor)(Ru).txt
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/12803/4/reviewSV_st036265_Tvorogova_Varvara_Evgenevna_%28supervisor%29%28Ru%29.txt
resources.format: Text
resources.description: ReviewSV
resources.size: 3,31 kB