title: Hidden diversity of the dark-spored myxomycetes of the tropical mountain forests in Phia Oac-Phia Den National Park (Northern Vietnam)
metadata.name: dc.contributor.advisor
metadata.value: Кирцидели Ирина Юрьевна
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.advisor
metadata.value: Kircideli Irina Urevna
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.contributor.author
metadata.value: Бортникова Надежда Андреевна
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.author
metadata.value: Bortnikova Nadezda Andreevna
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.contributor.editor
metadata.value: Власов Дмитрий Юрьевич
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.editor
metadata.value: Vlasov Dmitrij Urevic
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.date.accessioned
metadata.value: 2023-04-06T21:48:12Z
metadata.lang: -
metadata.name: dc.date.available
metadata.value: 2023-04-06T21:48:12Z
metadata.lang: -
metadata.name: dc.date.issued
metadata.value: 2022
metadata.name: dc.identifier.other
metadata.value: 055293
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.identifier.uri
metadata.value: http://hdl.handle.net/11701/39690
metadata.lang: -
metadata.name: dc.description.abstract
metadata.value: Миксомицеты (Myxomycetes = Myxogastrea) – группа амебоидных протистов, чей жизненный цикл включает в себя стадию подвижных питающихся клеток и стадию макроскопических плодовых тел, которые можно изучать классическими полевыми методами. Один из подходов к исследованию скрытого разнообразия миксомицетов – анализ видового состава трофических стадий в субстратах при помощи метагеномного анализа. Данный подход пока не получил широкого распространения, и был применен лишь трижды в исследованиях на территории Германии, России и Китая. В этих работах также было изучено разнообразие только темноспоровых миксомицетов, так как универсальные праймеры для используемого маркерного гена (18S рРНК) отсутствуют для всего класса по причине сильной дивергенции подклассов темно- и светлоспоровых миксомицетов.
  
  Цель работы: изучить скрытое разнообразие темноспоровых миксомицетов, встречающихся в горных тропических лесах на территории национального парка Фиаоак-Фиаден, расположенного на севере Вьетнама.
  Задачи исследования: 
  1.	Провести метагеномный анализ ДНК, полученной из образцов почвы. 
  2.	Сравнить результаты, полученные традиционными методами (полевые сборы и постановка влажных камер) и с использованием метагеномного анализа.
  3.	Проанализировать таксономическую структуру темноспоровых миксо
  4.	мицетов.
  5.	Оценить альфа- и бета-разнообразие темноспоровых миксомицетов.
  Выводы
  1.	Метагеномный анализ выявил присутствие 273 zOTU, характеризующихся сходством с референсными последовательностями не менее 70% и обилием не менее 10 последовательностей. 
  2.	В результате комбинирования традиционных методов и метагеномного анализа на исследованной территории было выявлено 49 видов темноспоровых миксомицетов, причем 6 их них было выявлено обоими методами. Также был обнаружен один новый вид для исследованной территории, являющийся новым видом и для Вьетнама (Physarum didermoides).
  3.	Полученные zOTU были отнесены к пор. Echinosteliales (0,7% от общего числа), Trichiales (1,8%), Stemonitidales (6,2%) и Physarales (91,2%).  
  4.	Для трех типов растительности было выявлено всего 2 общих zOTU, однако статистически значимые различия между типами растительности не были показаны.
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.description.abstract
metadata.value: Myxomycetes (Myxogastrea) is a group of amoeboid protists whose life cycle includes a mobile feeding cell stage and a macroscopic fruiting body stage, which can be studied by classical field methods. One approach to studying the myxomycete hidden diversity is the analysis of the trophic stage species composition in substrates using metagenomic analysis. This approach is not yet widespread, and has been applied only three times in studies carried in Germany, Russia, and China. In these studies, only dark-spored myxomycetes were considered, since universal primers of the marker gene (18S rRNA) are not available for the entire class due to the strong divergence of dark- and bright-spored myxomycetes subclasses.
  
  Aim of the work: study the hidden diversity of dark-spored myxomycetes in montane tropical forests of Phia Oắc – Phia Đén National Park, located in northern Vietnam.
  Research objectives: 
  1.	Carry out metagenomic analysis of DNA obtained from soil samples. 
  2.	Compare the results obtained by traditional methods (field collections and wet cell staging) and using metagenomic analysis.
  3.	Analyze the taxonomic structure of dark-spored myxomycetes. 
  4.	Evaluate alpha- and beta-diversity of dark-spored myxomycetes.
  
  Conclusions:
  1.	Metagenomic analysis revealed the presence of 273 zOTUs characterized by at least 70% similarity with reference sequences and at least 10 sequences. 
  2.	The combination of traditional methods and metagenomic analysis resulted in the identification of 49 species of darkspore myxomycetes in the study area, 6 of which were registered by both methods. There was also 1 new species for the study area, which is also a new species for Vietnam (Physarum didermoides).
  3.	The obtained zOTUs were attributed to the orders Echinosteliales (0.7% of the total zOTU number), Trichiales (1.8%), Stemonitidales (6.2%), and Physarales (91.2%).  
  4.	Only 2 zOTUs were common for the three vegetation types; however no significant difference between vegetation types was found.
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.language.iso
metadata.value: ru
metadata.name: dc.subject
metadata.value: скрытое разнообразие
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: миксомицеты
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: метагеномный анализ
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: Вьетнам
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: hidden diversity
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: Myxomycetes
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: metagenomic analysis
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: Vietnam
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.title
metadata.value: Hidden diversity of the dark-spored myxomycetes of the tropical mountain forests in Phia Oac-Phia Den National Park (Northern Vietnam)
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.title.alternative
metadata.value: Скрытое разнообразие темноспоровых миксомицетов (Myxomycetes) горных тропических лесов национального парка Фиаоак-Фиаден (северный Вьетнам)
metadata.lang: ru_RU
resources.filename: VKR_Bortnikova_2022.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/39690/2/VKR_Bortnikova_2022.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: Article
resources.size: 5,89 MB
resources.filename: reviewSV_OTZYV_Nauc_ruk_BortnikovaNA__angl_.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/39690/3/reviewSV_OTZYV_Nauc_ruk_BortnikovaNA__angl_.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: ReviewSV
resources.size: 52,76 kB
resources.filename: reviewSV_OTZYV_NAUCN_RUK_BORTNIKOVA_ZAVEREN.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/39690/4/reviewSV_OTZYV_NAUCN_RUK_BORTNIKOVA_ZAVEREN.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: ReviewSV
resources.size: 136,48 kB
resources.filename: reviewSV_st055293_Bortnikova_Nadezda_Andreevna_(supervisor)(Ru).txt
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/39690/5/reviewSV_st055293_Bortnikova_Nadezda_Andreevna_%28supervisor%29%28Ru%29.txt
resources.format: Text
resources.description: ReviewSV
resources.size: 3,39 kB
resources.filename: reviewSV_st055293_Bortnikova_Nadezda_Andreevna_(supervisor)(En).txt
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/39690/6/reviewSV_st055293_Bortnikova_Nadezda_Andreevna_%28supervisor%29%28En%29.txt
resources.format: Text
resources.description: ReviewSV
resources.size: 1,82 kB