title: Software implementation of DNA sequence comparison with reference genome
metadata.name: dc.contributor.advisor
metadata.value: Льянов Заал Джузеппович
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.author
metadata.value: Казачкова Екатерина Сергеевна
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.author
metadata.value: Kazachkova Ekaterina
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.contributor.editor
metadata.value: Громова Екатерина Викторовна
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.contributor.editor
metadata.value: Gromova Ekaterina Viktorovnа
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.date.accessioned
metadata.value: 2018-07-25T20:34:30Z
metadata.lang: -
metadata.name: dc.date.available
metadata.value: 2018-07-25T20:34:30Z
metadata.lang: -
metadata.name: dc.date.issued
metadata.value: 2017
metadata.name: dc.identifier.other
metadata.value: 015533
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.identifier.uri
metadata.value: http://hdl.handle.net/11701/11552
metadata.lang: -
metadata.name: dc.description.abstract
metadata.value: В настоящей работе были описаны основные положения биоинформатики. Также, были изучены два биоинформатических инструмента: FastqScreen и Picard Tools. Алгоритм работы программы FastqScreen был переписан с языка Perl на Java и оптимизирован. Кроме того, был сформулирован и построен критерий принятия решения. Этот критерий основывается на диаграмме размаха и согласно какому-то наперед заданному уровню значимости, определяет, может ли полученный файл fastq быть использован в дальнейшем анализе. Помимо вышесказанного, в данной работе, был улучшен алгоритм работы одного из инструментов Picard Tool (EstimateLibraryComplexity) с помощью метода нечеткого поиска.
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.description.abstract
metadata.value: In the present paper, the main definitions of bioinformatics were described. Also, two bioinformatics tools were studied: FsstqScreen and Picard Tools. The algorithm of the FastqScreen program was ported from the Perl language to Java and optimized. Moreover, a decision criterion was formulated and built. This test bases on a span chart and according to some pre-determined level of significance, determines whether the resulting fastq file can be used in further analysis. In addition to the above, in this paper, the algorithm of one of the tools of the Picard Tool was improved (EstimateLibraryComplexity) by using the method of fuzzy search.
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.language.iso
metadata.value: ru
metadata.name: dc.subject
metadata.value: биоинформатика
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: секвенирование генома
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: диаграмма размаха
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: метод нечеткого поиска
metadata.lang: ru_RU
metadata.name: dc.subject
metadata.value: bioinformatics
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: genome sequencing
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: span diagram
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.subject
metadata.value: fuzzy search method
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.title
metadata.value: Software implementation of DNA sequence comparison with reference genome
metadata.lang: en_GB
metadata.name: dc.title.alternative
metadata.value: Программная реализация сравнения последовательности ДНК с эталонным геномом
metadata.lang: ru_RU
resources.filename: kazachkova_2704.docx
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/11552/1/kazachkova_2704.docx
resources.format: Microsoft Word XML
resources.description: Article
resources.size: 687,53 kB
resources.filename: reviewSV_kazachkova_otz.docx
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/11552/2/reviewSV_kazachkova_otz.docx
resources.format: Microsoft Word XML
resources.description: ReviewSV
resources.size: 15,46 kB
resources.filename: reviewSV_Kazachkova.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/11552/3/reviewSV_Kazachkova.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: ReviewSV
resources.size: 660,6 kB
resources.filename: reviewSV_Kazachkova_E_S__mag_rec.pdf
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/11552/4/reviewSV_Kazachkova_E_S__mag_rec.pdf
resources.format: Adobe PDF
resources.description: ReviewRev
resources.size: 252,5 kB
resources.filename: reviewSV_st006809_Gromova_Ekaterina_Viktorovna_(supervisor)(Ru).txt
resources.url: https://dspace.spbu.ru/bitstream/11701/11552/5/reviewSV_st006809_Gromova_Ekaterina_Viktorovna_%28supervisor%29%28Ru%29.txt
resources.format: Text
resources.description: ReviewSV
resources.size: 4,02 kB