Сергей Юрьевич Смирнов родился 19 сентября 1959 года в городе Кинешма Ивановской области.
Образование высшее. В 1990 году окончил Высшую заочную юридическую школу МВД СССР.
Службу в правоохранительных органах начал в 1983 году. Работал в должностях оперуполномоченного уголовного розыска, начальника отряда колонии, заместителя начальника по воспитательной работе учреждения УЧ-398/1 ГУВД Ростовской области, руководителя УЧ-398/12 ГУИН Минюста России по Ростовской области, 1-го заместителя начальника ГУФСИН России по Ростовской области, начальника УФСИН России по Южному федеральному округу.
В 2008 году был назначен начальником управления безопасности ФСИН России.
С декабря 2009 года возглавлял управление режима и надзора ФСИН России.
За многолетнюю добросовестную службу Сергей Смирнов неоднократно поощрялся руководством МВД, Минюста и ФСИН России, имеет государственные и ведомственные награды.
Женат, двое детей.